حدد قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية موارد الجامعات الأهلية وآليات دعمها، مؤكدًا أن هذه الموارد تشمل المساهمات المالية والأصول العينية المقدمة من المواطنين والجهات العامة والخاصة والجمعيات الأهلية وهيئات المجتمع المدني، بالإضافة إلى المنح التي يوافق عليها مجلس أمناء الجامعة، فضلًا عن المصروفات الدراسية ومقابل الخدمات والموارد البحثية.
ونص القانون على أن أموال الجامعات الأهلية تُعامل معاملة الأموال العامة في تطبيق أحكام قانون العقوبات، بما يضمن الحفاظ عليها وحسن إدارتها. كما أجاز للدولة تقديم العون لهذه الجامعات من خلال تخصيص عقارات لها بمقابل يحدده مجلس الوزراء، أو بتقديم مساعدات مالية أو عينية وفقًا للقواعد المنظمة.
ويُلزم التشريع الجامعات الأهلية بتوجيه صافي الفائض الناتج عن نشاطها إلى تطوير بنيتها التعليمية والبحثية، وخدمة المجتمع وتنمية البيئة، ورعاية الطلاب، وتمويل المنح الدراسية للمتفوقين، على أن يُخصص ما تنفقه في مجال خدمة المجتمع لدعم العملية التعليمية أو البحثية داخل الجهات العامة، خاصة التي ساهمت في إنشاء الجامعة، ويكون لكل جامعة أهلية مجلس أمناء يتراوح عدد أعضائه بين 11 و21 عضوًا من كبار العلماء والأساتذة والخبراء والشخصيات العامة، يختارهم مؤسسو الجامعة، إضافة إلى ممثل عن الحكومة يحدده وزير التعليم العالي، ويكون رئيس الجامعة عضوًا بالمجلس. ويجتمع مجلس الأمناء لأول مرة برئاسة أكبر الأعضاء سنًا لاختيار الرئيس ونائبه.